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• 南京市玄武区人民政府办公室
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• 南京市玄武区教育局
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• 南京市玄武区司法局
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• 南京市玄武区人力资源和社会保障局
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• 南京市玄武区投资促进局
• 南京市玄武区卫生健康委员会
• 南京市玄武区退役军人事务局
• 南京市玄武区应急管理局
• 南京市玄武区审计局
• 南京市玄武区人民政府国有资产监督管理办公室
• 南京市玄武区数据局
• 南京市玄武区市场监督管理局
• 南京市玄武区统计局
• 南京市玄武区信访局
• 南京市玄武区国防动员办公室

区政府派出机构
• 南京徐庄高新区技术产业开发区管理委员会

市政府派出机构
• 南京市玄武湖周边地区综合管理办公室

街道
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其他
• 南京市玄武生态环境局
• 南京市珠江路科技一条街管理办公室